ecaljdoc

Appearance

ecaljauto ​

自動バッチ計算用のスクリプトセット

依存関係 ​

通常のecaljの計算に加え

  • python3.9以上 python ライブラリ
  • pandas
  • seekpath
  • spglib

python ライブラリのinstall は pip で以下のように行う

bash
pip3 install pandas seekpath spglib --user

python のImportError が発生する場合 ​

python の version や環境によって以下のようなエラーがでる場合がある(ISSP python3.6で発生)

text
Traceback (most recent call last):
  File "/home/k0413/k041300/ecalj/ecalj_auto/OUTPUT/testSGA/start@20250410-095838/job_mp.py", line 3, in <module>
    import pandas as pd
  File "/home/k0413/k041300/.local/lib/python3.6/site-packages/pandas/__init__.py", line 17, in <module>
    "Unable to import required dependencies:\n" + "\n".join(missing_dependencies)
ImportError: Unable to import required dependencies:
pytz: No module named 'pytz'

この場合pythonのversion upを試す。

mise を使用する場合. ​

以下を ~/.bashrc に記載 (zsh の場合は 2行目のbash を zsh とする)

bash
type mise > /dev/null 2>&1 || curl https://mise.run | sh
eval "$(~/.local/bin/mise activate bash)"

NOTE

mise は パッケージ管理ソフトの一種であり、詳細は mise を参考にして下さい。

その後 ~/.bashrc の再読み込みを行うと mise がインストールされ使用できるようになる。

bash
source ~/.bashrc

ecalj_auto があるディレクトリで以下を実行し, python をinstall する。

bash
mise use python@latest

IMPORTANT

ここでinstallされたpythonは, ecalj_auto があるディレクトリより下位のディレクトリでのみ有効となることに注意。

ここでinstallしたpythonが使用するlibraryを以下で導入する。

bash
pip3 install pandas seekpath spglib --user

サーバーのコマンドに合わせてスクリプトの変更 ​

mpirun 関係 ​

MPI の実行コマンドをサーバの使用に合わせて変更する．デフォルトはmpirun であり, 以下のスクリプトに記載されている． ecalj/ecalj_auto/auto/creplot.py

python
    def run_lmf(self, fout,foute):
        command1 = ['mpirun', '-np', self.ncore, self.epath/'lmf', self.num] + self.option_lmf
        command2 = ['tail', '-f', f'save.{self.num}']
        run_popen(command1, command2, fout, foute, 'a')
        return check_save(f'save.{self.num}')

command1 = ['mpirun', '-np', self.ncore, self.epath/'lmf', self.num] + self.option_lmf を修正する．

SLURM の場合: 例 ISSP system B ​

On the slurm case: e.g., ISSP system B, Othtaka

python
        command1 = ['srun', '-n', self.ncore, self.epath/'lmf', self.num] + self.option_lmf

OpenMPI の場合: 例 ISSP system C ​

python
        command1 = ['mpiexec', '--bind-to none', '-np', self.ncore, self.epath/'lmf', self.num] + self.option_lmf

qsub 関係 ​

ジョブの投入コマンドをサーバの使用に合わせて変更する．デフォルトはqsub であり, 以下のスクリプトに記載されている． ~/ecalj/ecalj_auto/auto/joball.py L126

python
            os.system(f'qsub {jobx}')

SLURM の場合: 例 ISSP system B ​

はqsub をsbatchに変更する

python
            os.system(f'sbatch {jobx}')

Query ​

MPからのPROCARの取得方法

依存関係: 以下のpython ライブラリが必要

  • pymatgen
  • mp-api インストールはpipから
bash
pip3 install pymatgen mp-api --user

material project のAPI key が必要であり ecalj_auto/config.ini に記載する