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ISSPのkuguiとohtakaでのインストール ​

kuguiでのインストール ​

１．ログイン。 ​

２．miseあるいはanacondaを用いてpythonとツールをインストール ​

３．~/.bashrcの書き換え ​

~/.bashrcの最後に

bash
ulimit -s unlimited
export PATH=$HOME/bin:$PATH
module purge
module load nvhpc-nompi/24.7 openmpi_nvhpc compiler-rt tbb mkl
if which nvidia-cuda-mps-control > /dev/null 2>&1 ; then
  export CUDA_MPS_PIPE_DIRECTORY=$(pwd)/nvidia-mps-$(hostname)
  export CUDA_MPS_LOG_DIRECTORY=$(pwd)/nvidia-log-$(hostname)
  echo "start nvidia-cuda-mps-control at" $(hostname)
  nvidia-cuda-mps-control -d
fi

を挿入。

TIP

Script for loading the required modules and starting MPS.

4.ecaljのインストールとテスト ​

bash
git clone https://github.com/tkotani/ecalj.git
cd ecalj

そのあとインストール＋テストのコマンドを打ちます。コンソールで

bash
qsub jobinstall_kugui.sh

です。これを実行すると、コンパイルのあとテスト計算が進んでいく。jobinstall_kugui.sh ではCPU版とGPU版の両方がインストールされます。 InstallAllは$HOME/binディレクトリを作りそこへecaljのバイナリやスクリプトのコピーを行います。 困る場合は現在のコピーのバックアップをとったうえでecaljに上書きさせる、 というのでもいいかもしれないです。あるいはInstallAllの中でbinを検索し書き直してください。 そこにパスを通しておく必要があります。テストはOKを出しながら進んでいきます 以下のようなエラーっぽいメッセージをだすのですが無視してください。正常に動いています。

[cpu121:54969] 7 more processes have sent help message help-mpi-common-cuda.txt / dlopen failed
[cpu121:54969] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
--------------------------------------------------------------------------
The library attempted to open the following supporting CUDA libraries,
but each of them failed.  CUDA-aware support is disabled.
libcuda.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
libcuda.dylib: cannot open shared object file: No such file or directory
/usr/lib64/libcuda.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory
/usr/lib64/libcuda.dylib: cannot open shared object file: No such file or directory
If you are not interested in CUDA-aware support, then run with
--mca opal_warn_on_missing_libcuda 0 to suppress this message.  If you are interested
in CUDA-aware support, then try setting LD_LIBRARY_PATH to the location
of libcuda.so.1 to get passed this issue.

テストの最後は

text
PASSED! ni_crpa/Screening_W-v_crpa.h
PASSED! srvo3_crpa/Screening_W-v.h
PASSED! srvo3_crpa/Screening_W-v_crpa.h
OK! ALL PASSED ===
   See work/summary.txt
Elapsed time for make        : 51 seconds
Elapsed time for testecalj.py: 409 seconds

という感じで終了します。これでインストールとテスト完了です。合計１０分ぐらいです。 これができたら次に進んでください。コンパイル、テストと進行していくのですが、 テストに突入すれば、

bash
tail -f ecalj/SRC/TestInstall/summary.txt

を見ていれば、順にテストが進んでいくのが確認できます。最後にPASSED! srvo3_crpa/Screening_W-v_crpa.h と表示され、FAILとかエラーがなければOKです。

4.GPU計算テスト ​

ecalj/Samples_ISSP/inas2gasb2_kugui に移動して、

qsub job_kugui.sh

を実行。cat lgwscしてみて

===== QSGW iteration end   iter 2 ===
OK! ==== All calclation finished for  gwsc ====

で終了していればOKです。

6. 使い方メモ ​

使い方メモ

ohtakaでのインストール ​

ほぼ同様です。~/.bashrcの最後に

bash
ulimit -s unlimited
export PATH=$HOME/bin:$PATH
module purge
module load openmpi/4.1.5-oneapi-2023.0.0-classic

と書いておきます。インストールは

sbatch jobinstall_ohtaka.sh

です。の段階でその最後がOK! ALL PASSED！が見れないならインストールできてないです。

それを確認後、計算テストは ecalj/Samples_ISSP/inas2gasb2 にて

sbatch job_ohtaka.sh

を行ってください。GPUテストはinas2gasb2_ohtakaにあります。

ISSPシステムでのカスタマイズについて ​

ecaljソースコードの変更点 あるいはecalj packageのecalj/job_install_kugui.sh を見てください。